Kościół w stylu barokowym został wybudowany w latach 1722-57 według planów Jana Catenazziego. Wymiary zewnętrzne świątyni wynoszą: dł. ok. 49 m., szer. niecałe 18 m., a wysokość wierzchołka krzyży ok. 28 m. Wnętrze obrzańskiej świątyni utrzymane jest w stylu barokowo- rokokowym. Kościół składa się z części wieżowej, czyli kruchty; trzech przęseł nawy, dających się wyróżnić dzięki szerokim, silnym filarom, podtrzymującym żeglaste sklepienia i krótkiego przęsła konchowego, stanowiącego połączenie nawy z prezbiterium oraz dwuprzęsłowego prezbiterium.

Ołtarz główny składa się z tabernakulum, nad którym znajduje się obrotowa komora o trzech wnękach do umieszczenia w nich krzyża oraz monstrancji. Po bokach tabernakulum stoją: św. Bernard z krzyżem, włócznią i gąbką na kiju oraz św. Benedykt z książką – regułą życia zakonnego. Część druga ołtarza to wspaniały, duży obraz Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, pędzla Szymona Czechowicza z 1756 r. Odnowione w 1995r. płótno ukazuje Matkę Bożą wznoszącą się w niebo wśród aniołów. Nad obrazem Wniebowzięcia, w świetle okna, widać postać patrona świątyni, św. Jakuba Apostoła.

W prezbiterium barokowe stalle, czyli chóry zakonne, wykonane i złocone przez malarza Chrzanowskiego z 1762 r. Są to trzynastosiedziskowe sedilia z jednym rzędem siedzeń o wysokim zaplecku, zwieńczonym baldachimem, na którym znajdują się rzeźby aniołów, orłów i wazonów. Jako stopnie bocznych wejść służą skrzydlate smoki. W kościele znajduje się ambona w kształcie „rogu obfitości”.

Ołtarze boczne wykonane zostały przez Augusta Schopsa w latach 1762-64, jednak dziś nie służą już do równoczesnego odprawiania prywatnych mszy świętych. Jest ich sześć.

Ołtarz krzyża świętego mieści w sobie gotycki krucyfiks, a właściwie samą postać Chrystusa ukrzyżowanego, pochodzący z początków XVI wieku. Po bokach, na cokołach stoją postacie świętych: Maria Magdalena, Jan Ewangelista, św. Piotr i Matka Boża Bolesna.

Ołtarz św. Jana Nepomucena tworzy obraz z jego osobą unoszonego w chmurze przez parę aniołów. Święty Jan trzyma w ręku krucyfiks i język. Jak mówi podanie, że w czasie tortur nie zdradził tajemnicy spowiedzi, więc wyrwano mu język.
Ołtarz „Tota pulchra” czyli „Cała piękna”, gdzie w centralnym punkcie ołtarza wisi obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem, których otacza mnóstwo symboli biblijnych. Po bokach ołtarza stoją: rodzice Matki Bożej – Joachim i Anna oraz rodzice Jana Chrzciciela – Elżbieta i Zachariasz. Na środku zwieńczenia widnieje płaskorzeźba św. Józefa trzymającego Jezusa i lilie, a także hieragram imienia „Maria”.

Ołtarz św. Eugeniusza de Mazenoda, do 1996 r. był to ołtarz św. Bernarda. W centralnym punkcie ołtarza znajduje się obraz kompozycji i pędzla Marka Krygiera z Poznania ukazujący św. Eugeniusza de Mazenoda. Widzimy Eugeniusza, na tle marsylijskiej świątyni, z głową wzniesioną ku Matce, która wyciąga do niego swą prawą dłoń. Eugeniusz zrywa z tym co świeckie depcząc swój herb rodowy. U dołu obrazu polscy Oblaci – kandydaci na ołtarze. Obraz jest wyrazem wdzięczności za kanonizację założyciela Oblatów Maryi Niepokalanej – gospodarzy tutejszego klasztoru. Obraz poświęcił Prymas Polski, ks. kard. Józef Glemp 19 V 1996r.

Ołtarz św. Urszuli mieści w sobie obraz przedstawiający zastrzeloną i zasztyletowaną św. Urszulę, nad którą unosi się para aniołków trzymająca palmę, diadem i wieniec męczeński.

Na szczególną uwagę zasługuje ołtarz Matki Boskiej Pocieszenia. W centralnym miejscu ołtarza umieszczono obraz Matki Bożej Pocieszenia, pochodzący z początków XVII wieku. Widzimy Maryję trzymającą Jezusa, który w swej prawej dłoni trzyma szczygła – symbol umiłowania stworzenia. Tym, co najbardziej przemawia w tym obrazie, jest wzrok Maryi skierowany ku nam. Jest to kopia obrazu Matki Boskiej Zbrasławskiej z Pragi, przywieziony z Litwy przez bpa Popławskiego pod koniec XVIIw. Odzianą w nowe sukienki i koronę można podziwiać po dziś dzień. W Roku Wielkiego Jubileuszu (tj. 2000r.) Matka Boża Pocieszenia nawiedziła domy naszej parafii przynosząc pokój i pocieszenie.

Polichromia kościoła św. Jakuba to przede wszystkim jego sklepienie, składające się z sześciu kopuł. Freski te przedstawiają sceny z życia Cystersów namalowane przez artystę Brzozowskiego z Poznania w latach 1753-54. Główną ich postacią jest św. Bernard, chociaż można też zobaczyć w nich Trójcę Przenajświętszą, Maryję, chóry anielskie, św. Cecylię, św. Wojciecha, św. Stanisława i innych Cystersów, a także scenę ustanowienia Uroczystości Ciała i Krwi Pańskiej, sceny z Apokalipsy św. Jana i wiele innych. Freski są dość mocno zniszczone zębem czasu, popękane, z widocznymi próbami przemalowania lub poprawiania, mimo tego jesteśmy dumni, że znajdują się one w naszym kościele parafialnym.